Bir müddət doğma şəhərində təhsil alan şeyx Qəni Axund, Zöhrə adlı xanımla ailə həyatı qurur və Iranın Qum şəhərinə getmək qərarına gəlir. Dörd ildən artıq Qum şəhərində təhsil alan Şeyx Qəni Axund oradan Iraqın Kərbəla şəhərinə yollanır. Tələbəlik illərində Həcc ziyarətində olur. Zövcəsi Zöhrə xanım gənc yaşlarında dünyasını dəyişir. Şeyx Qəni Axund azyaşlı qızı Həlimə Xatunla çətin bir vəziyyətdə qalır. Nərgiz Xatun adlı ərəb qızı ilə izdivac edir. Şeyx Qəni Axund Bakıya qayıtmaq qərarına gəlir, lakin həyat yoldaşı Bakıya getməkdən imtina etdiyi üçün o, Bakıya qızı ilə qayıtmalı olur. Bakıya qayıtdıqdan sonra Maştağanın Xunxarlar məhəlləsində yaşayan Ruqəyya xanım ilə ailə həyatı qurur. Çox keçmir ki, Nərgiz Xatun da Bakıya qayıdır. Nərgiz Xatundan Məmmədəli və Mərziyyə adlı övladları dünyaya gəlir. Şeyx Qəni Axundun oğlu Məmmədəli 1918-ci ildə Bakı şəhərində ermənilər tərəfindən qətlə yetirilir.

Şeyx Qəni Axund təhsilini başa vurduqdan sonra bir müddət Iranda yaşayır. Nəhayət 1915-ci ildə vətənə qayıdır. Əmisi Əli Mustafa Fətəli Xan oğlu Içəri Şəhərdə ikimərtəbəli evini ona bağışlayır. MirMuhəmməd  Kərim Axund tərəfindən Bayır şəhərdəki Qubalılar məscidinə axund təyin olunur. Onun yaxın dostlarından Axund Molla ağa Əlizadə, Axund Zəki Hacızadə, MirMuhəmməd Kərim, Molla Kamiyab, Mircəfərzadə Axund Fəraməz Bağırzadə və başqalarının adını sşyləmək olar.

Azərbaycanda Sovet Hakimiyyəti qurulduqdan sonra hər bir din xadimi kimi Şeyx Qəni Axundu da təqib etməyə başlayırlar. Onun el arasındakı nüfuzunu görən NKVD işçiləri dəfələrlə ağanı çağırtdırıb müxtəlif işlər təklif edirlər. Amma Şeyx Qəni Axund bütün bunlara rədd cavabı verir və onlara bildirir ki, "mən bu dünyadan imanla getmək istəyirəm." NKVD işçiləri heç bir vəchlə öz istəklərinə nail ola bilmirlər. Elə bu hadisələrdən sonra ağanı həbs etmək qərarına gəlirlər. 1931-ci ilin yay aylarında Axund Kamiyabla bir gündə həbs olunur və 2 ay müddətində Bakı həbsxanasında saxlanılır. Çoxlu sorğu-sualdan sonra ağaya bildirirlər ki, sabah onu qətlə yetirəcəklər. Axşam Şeyx Qəni Axund namazını qıldıqdan sonra Allah-Təalaya dua edir. Kameranın bir küncünə sığınıb əbasını başına çəkir. Səhər onu aparmağa gələnlər görürlər ki, Şeyx Qəni Axund artıq dünyasını dəyişib.